દરેક પરમાણુંનો સૂક્ષ્મ કેન્દ્રીય ભાગ ધન વિદ્યુતભારિત છે અને તેમાં પરમાધુનું લગભગ સમય દળ કેન્દ્રીત થયેલું છે જેને પરમાણુનું ન્યુક્લિયસ (નાભિ) કહે છે.

પરમાણુના પરિમાણ (ત્રિજ્યા) કરતાં ન્યુક્લિયસના પરિમાણ (ત્રિજ્યા) ધણાં નાના હોય છે.

$\alpha$-કણોના પ્રકીર્ણનના પ્રયોગોએ દર્શાવ્યું કે ન્યુક્લિયસની ત્રિજ્યા પરમાણુની ત્રિજ્યા કરતાં $10^{4}$ ગણી નાની છે આનો અર્થ એ થાય કે,

ન્યુક્લિયસનું કદ/પરમાણુનું કદ$=\frac{4 / 3^{\pi \times\left(10^{-14}\right)^{3}}}{4 / 3 \pi \times\left(10^{-10}\right)^{3}}=10^{-12}$

$\therefore$ ન્યુક્લિયસનું કદ, પરમાણુંના કદના $10^{-12}$ ગણું છે.

આમ છતાં પરમાણુનું લગભગ બધુ ($99.9 \%$ કરતાં વધુ) દળ ન્યુક્લિયસ ધરાવે છે. જો પરમાણુને એક વર્ગખંડ જેટલો મોટો વિચારીઓ તો તેમાં ન્યુક્લિયસ એક ટાંકણીની ટોચ જેટલા માપનું હોય.

આમ, પરમાણુમાં ખાલી અવકાશ ધણો મોટો વિસ્તાર છે.